피고는 공기업으로서 그 계약사무 등에 관하여는 공공기관운영법 제39조와 그 위임에 따라 제정된 계약사무규칙에 따라야 한다. 위 계약사무규칙은 2016. 9. 12. 기획재정부령 제571호로 개정되면서 “부정당업자에 대해서는 국가계약법 제27조에 따라 입찰참가자격을 제한할 수 있다.”(제15조)고 규정함으로써 구 국가계약법 제27조 제4항에서 신설된 제척기간 조항을 적용하도록 하였다. 다만, 위 개정된 계약사무규칙의 부칙 제2조는 경과조치로써 “제15조의 개정규정에도 불구하고 이 규칙 시행 전에 한 행위에 따른 입찰참가자격의 제한에 대해서는 종전의 규정에 따른다.”는 제한을 두었다.

 이 사건에서 ‘종전의 규정’에 해당하는 구 계약사무규칙이나 그 준용법령인 구 국가계약에 관한 법령에는 입찰참가자격제한처분에 관한 제척기간 조항이 없다가, 2016. 9. 3. 신설된 구 국가계약법 제27조 제4항의 시행에 따라 비로소 국가계약 등에 제척기간 제도가 도입되었다.

 그러나 다음과 같은 이유에서 구 국가계약법 제27조 제4항에서 신설된 제척기간 규정은 이 사건과 같이 2016. 9. 2. 이전의 공기업계약 관련 부정당행위에 대하여 2016. 9. 3. 이후에 처분을 하는 경우에도 적용되어야 할 것이다. 구 국가계약법 제27조 제4항의 제척기간 규정은, 종래 입찰참가자격제한 처분에 제척기간을 두지 않아 지나치게 오랜 기간 동안 입찰업체의 법적 지위를 불안정한 상태로 둠으로써 발생할 수 있는 기본권 침해 소지를 해소하려는 반성적 고려에서 신설된 것이고, 단순한 정책변경에 따라 개정된 것이 아니므로, 그 시행일 이전의 위반행위에 대하여 그 시행일 이후에 입찰참가자격제한 처분을 하는 경우에도 예외적으로 개정 법령을 적용하는 것이 타당하기 때문이다.  

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